早期中国大陆与台湾地区农药滥用的情形，在国际上被列为同一级。1970年代至1980年代初期间，为提升产能，在精制茶厂附近产茶区有喷洒农药与施用化肥情形。但随着对食品安全意识的提升加上成本问题，1980年代中期开始就已无农药残留问题，对日本与法国等欧盟检验标准严格的国家，销售量也能每年稳定成长中，农药残留的问题对普洱茶而言并不容易发生。
2004年8月初，中国农业科学院茶叶研究所公布10个中国主要产茶省份茶叶抽检结果，云南省茶叶残留量最低；据了解，有农药残留的样本为高成本高利润的红茶与绿茶类。
除官方说明的原因，如生态良好、茶树原生地受保护等等，所以不施化肥农药外，深入了解分析后发现还有几个主要原因：
当地茶区多处山区交通不便，农药化肥难以送达。
云南茶区面积十分广阔，产量远多于目前的需要量，不需藉洒药增加产能。
许多茶农与采茶人、茶贩为少数民族，经济能力不佳，当地普洱茶青毛茶收购价格相当低廉，茶园多釆粗耕野放，洒农药化肥不符合经济成本。
古树茶、野生型茶树高大，无法以正常方式洒药，且大茶树洒农药、化肥容易死亡。
早年云南许多晒青茶箐来源多属于野放茶，为茶园经栽种过后少有人工管理，不洒人工化肥与农药，只稍做锄草与翻土整理，现代称之为“生态茶”。
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